Program studi S1 Ekonomi Syariah resmi berdiri pada tanggal 15 April 2003, dengan nama pertama kali Prodi Ekonomi Islam, berdasarkan SK No. 83 tahun 2003 tentang penyelenggaraan jurusan Ekonomi Islam pada fakultas Syariah IAIN Antasari. Pada tahun 2017, Prodi Ekonomi Syariah (S1), Prodi Perbankan Syariah (S1), Prodi Asuransi Syariah (S1), dan Prodi D3 Perbankan Syariah menjadi modal bagi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam pada saat pemisahannya dari Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam melalui PMA Nomor 20 Tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja (Ortaker)Â Universitas Islam Negeri Antasari Banjarmasin.